
Por John Timmer, Ars Technica
Sistemas biológicos han llamado la atención de los científicos, que han sido convirtiendo todo de moléculas de ARN a toda colonias bacterianas en puertas lógicas. Hasta ahora, sin embargo, estos sistemas han sido relativamente pequeños, con sólo un puñado de gates en una serie. La revista Science de hoy poder pasado las manifestaciones en pequeña escala y muestra que una forma de computación de ADN puede realizar un cálculo con hasta 130 diferentes tipos de moléculas de ADN que participan. El sistema es tan flexible que también es posible utilizar compiladores e incluyen circuitos de depuración.
Antes de tener visiones de ADN controlando Skynet, vale la pena tomar un segundo para tener en cuenta las limitaciones del sistema: todas esas moléculas fueron usados para realizar simplemente raíces cuadradas en números de cuatro bits, y cada cálculo tomó más de cinco horas. Aunque no son especialmente útiles para los cálculos de propósito general, estas puertas de lógica basada en ADN tienen la ventaja de ser capaz de integrar en los sistemas biológicos, teniendo sus aportaciones desde una celda y alimentación de la salida en procesos bioquímicos.Los autores de la ciencia (un biólogo y un equipo científico, ambos de Caltech) describió su enfoque general en una publicación de acceso abierto. Depende de lo que ellos llaman “subibaja” las puertas lógicas, que nos hemos diagramado por debajo. La característica central de estas puertas es un segmento de ADN que puede par de bases con muchas moléculas diferentes, lo que les permite competir para el enlace. Incluso una vez que una molécula es emparejado de base, puede ser desplazada; secuencias cortas de “aterrizaje” a cada lado permiten una molécula diferente adjuntar, después de que puede desplazar a un residente.
Este sistema permite a los autores precarga puertas con una molécula, añadir un montón de moléculas de entrada y espere estadísticas hacer sus cosas, más de una molécula de entrada determinada que rodea con, mayor será lo más probable es que se desplazarán a la molécula en la puerta, que, a continuación, puede leerse como una salida.
Por su parte, este tipo de sistema de puerta de entrada de salida es bastante simple, pero es posible que las moléculas que lleguen más allá de la parte pares con la puerta. Por ejemplo, puede pegar una cola en una molécula de salida que actúa como una molécula para otra puerta de entrada. También puede hacer sumideros para diferentes productos (los autores llaman estas moléculas “combustible”). Pueden base par con una salida de tal manera que se elimina de más interacciones, cambiando así la dinámica de la situación. Múltiples entradas y salidas pueden también interactuar en la puerta de la misma a la vez.
Pares de gates pueden utilizarse para crear y y o lógica basada en los niveles de salida observado. Cuando un par de puertas está fuera, la salida es bajo; es mayor para una uno-en/one-off situación (OR) y alcanza altos niveles cuando ambas puertas (Y). Salida es leer usando una molécula de ADN llevar una etiqueta fluorescente; moléculas de salida llevan una etiqueta separada que apaga la fluorescencia, permitiendo una señal de que se detecte.
Porque las operaciones lógicas son tan simples y las reglas de asignación de base de ADN son tan simples, los autores fueron capaces de generar un “compilador” computarizado que les dijo qué moléculas de ADN para adquirir, así como el orden y la concentración necesaria para obtener la reacción para trabajar. Agregaron capacidades de depuración viendo los niveles de algunas moléculas de salida intermedia como procedió de la reacción.
Para demostrar que funcionó, los autores construyen un sistema que calcula el piso de la raíz cuadrada de un número binario de 4 bits. Esto requirió 74 diferentes moléculas de hebra simple de ADN (sin contar las entradas). Mientras se ejecuta el cálculo, hasta 130 diferentes moléculas varados dobles existían en el mismo tubo de ensayo.
A pesar de la presencia de un compilador y un simulador, los autores todavía tenían a mano-melodía algunas de la base de emparejamiento reacciones a fin de obtener toda la operación para completar. Luego hubo ocho horas esperando que se realice la finalización (presumiblemente, el simulador habría metido con la respuesta más rápido que el ADN). Por lo tanto, aunque impresionante, esta técnica no va a revolucionar la computación
Aún así, tiene su apelación. Biomoléculas diferentes, incluyendo el ADN, ARN, enzimas y pequeñas moléculas, podrían todos utilizar como insumos. Y debería ser posible vincular las salidas en funciones biológicas pertinentes, incluyendo la expresión de genes. Por último, los autores tienen una idea bastante inteligente para acelerar las cosas. En lugar de tener todas las puertas flotante suelto en un tubo de ensayo, sugieren que podría ser posible utilizar grandes de ADN de andamios para montar puertas muy cerca entre sí, asegurando que reacciones rápidamente y requieren menos ADN a utilizarse.

Imágenes: Ars Technica. 1) Con algunos trucos de la biología sintética, los investigadores han engatusó ADN para calcular raíces cuadradas. 2) Una entrada (superior izquierda) puede agregarse a una puerta de lógica de ADN precargada con una salida. La entrada inicia el emparejamiento de base con la puerta y eventualmente puede desplazar la molécula de salida (derecha). Que salida, a continuación, puede utilizarse como entrada para una puerta diferente (abajo).
Fuente: Ars Technica
Cita: “escala hasta la computación Digital circuito con desplazamiento de filamento de ADN cascadas.” Qian Lulú y
Erik Winfree. Ciencia, 3 de junio de 2011, Vol. 332, Nº 6034, pág. 1196-1201. DOI: 10.1126/science.1200520
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